下面提到的笔记管理方法，说是笔记管理，也可以勉强说是知识管理。毕竟知识是复杂的，并非所有的知识（或经验）都能方便地整理成能存储在目前的计算机中的格式。所以，还是说笔记管理更合适。笔记整理，实际上是一个分类工作，最本质的难度也在这里。夸张一点说，科学就是关于分类的学科，当你搞清楚了不同乱七八糟的层级关系时，你就理解了它是怎么工作的……嗯，扯远了。
说明一下，本人研究生二年级在读，专业是生物信息学。所以下面的内容可能更适合与我处境类似的朋友，毕竟大家需求千差万别。
作为一只“科研狗”，做笔记当然是很重要的啦。做过笔记的好孩子都知道，整理笔记是一项非常非常花时间，但十分“划算”的工作。俗话说，好记性不如烂笔头。除了在有需要时进行查询，做笔记也是一个“学而时习之”，整理思路，归纳方法的过程。另外，收藏不等于知道（可惜一直记不住）！
用过不少的笔记管理工具，比如为知笔记、有道云笔记、印象笔记、OneNote、Endnote 等。但一直没有找到一个满意的解决方法，在不断不断……不断地折腾中，最近找到了一套差强人意的方法。整理一下分享给大家，希望能有些帮助。
有哪些笔记需要管理
有哪些笔记需要整理呢？想了一下，格式可谓……十分复杂。
- 文献：虽然不想看……
- 网页：随着自媒体（比如博客、公众号等）的兴起，网页可能已经成为了最大也最复杂的知识来源。
- 其他：比如自己做的 PPT，网上下载的 PPT，excel，word 等。
文献管理比较简单，找一个心仪的工具来专门管理就好了，反正这个也（几乎）必须由专门软件来管理。
网页比较复杂，所以印象笔记等工具提供的网页剪辑功能才十分诱人，鼠标右键 -> 保存到我的……，别人辛苦整理好的笔记（博客）就到了我的笔记里。虽然我也经常用这种方式，有时候保存书签（网页地址），有时候保存网页内容（防止网页链接死掉，经常发生！）。但是经常觉得别人的理解并非我的理解，里面没有我自己的经验。在工作中，非常典型的场景是，当需要解决一个问题时，我可能查询浏览了数个甚至几十上百个网页，它们都或多或少地帮助了我，但是可能并非所有内容都那么“有用”。所以经常有先保存再整理的冲动，虽然大多数时候也就仅仅只是……冲动，空余时间都喂了狗了……
其他就更复杂了，许多情况下，文本（纯文本、富文本）并非最好的展示方式，比如你总得做工作汇报和文献讨论吧……这些 PPT 放在哪，怎么管理，当然，不嫌累的话可以把 PPT 导出图片，然后再整理到别的文本中。这只是举个例子，实际情况更加复杂。
对笔记管理方案的需求
我对笔记管理主要有下面这些需求：
- 轻便。依赖环境越简单越好，工具越轻便越好。
- 方便同步。我对移动端等的同步需求不大，毕竟在小屏幕上看笔记的需求不大，工作时肯定以个人电脑为主。我指的同步包括但不限于：云同步（同步到公共服务器或私有服务器）、拷贝到其他存储媒介等。
- 可移植。解决方法要容易移植，比如不用花很多时间就能分别在工作电脑和个人电脑上搭建。笔记要容易移植，每个笔记都是独立的文件，用户可以不通过笔记管理软件而通过资源管理器自由查看更改这些文件。这一点和方便同步其实有些重合。
- 支持 markdown。markdown 是一种轻量级的标记语言，非常方便书写。
关于为什么对 markdown 有执念，网上已经有很多讨论了。语法非常简单，强烈建议学习一下，连我都会用……
另外，最重要的一点：尽量不依赖商业软件。商业软件当然具有各种优势，比如印象笔记的网页剪辑，为知笔记非常的用户友好，有道云对 markdown 的支持，OneNote 多层级的管理系统及自由书写的快感。但是，依赖商业软件让人非常“不爽”，比如程序是个黑盒子，公司对于产品的态度及支持一直在变化，买了会员后万一公司哪天倒闭了呢，格式不友好（不兼容其他平台，不便导出等）……总之，就是想自己折腾，哈哈。
其他的一些小的需求比如：界面美观，使用简单，开源，支持全文搜索，标签，时间线等。不过这些都不是主要的。
解决思路
先说方法，用过这些工具朋友应该已经知道怎么做了。
- Zotero：文献和笔记管理软件
- VNote：一个基于 markdown 的本地笔记管理软件。
- 坚果云：一个非常方便的云同步平台
- 火狐浏览器 + 一些插件：书签管理
- 资源管理器：就是……文件夹
- markdown 书写（非必需，但是建议）
- 其他
用 Zotero 管理文献（和笔记）
许多人（身边的朋友，不在身边的朋友……）都用 Endnote 管理文献，不在此讨论 Endnote 的不好了。毕竟工具不是关键，只要能到罗马，黑猫白猫都行。
Zotero 有哪些优势呢？
- 免费（Zotero 同步空间存储收费，但是可以用其他同步方式，比如坚果云）
- 简单
- 漂亮
- 导入文献太方便了，仅仅需要鼠标左键（方便收集文献）
- 导出文献到 word 方便（方便写论文时插入文献）
- 可以配合坚果云实现“完美”同步
- 不仅仅可以管理文献，还有笔记、网页等
- 支持插件，比如谷歌学术插件，可以很方便地更新文献的引用次数。
- 群组，可以很方便地把整理好的文献分享给他人
- 好像还能导入 Endnote 文献，我没用过。
举个例子，下面是我收集的关于从 RNA-seq 数据中探索 splicing 的工具：可以看到左边是目录，右边不仅仅有文献，还有网页，每个条目下又可以建立笔记、链接等。Extra 列是用 Zotero Scholar Citations 插件获取的文献引用次数。
总之一句话来形容喜欢的话，我已经几乎离不开了 Zotero 了。每天工作时最先（手动）打开的两个软件，一个是火狐浏览器，一个是 Zotero。
网上有很多关于 Zotero 的教程了，比如这个系列：Zotero入门六篇。再比如配合坚果云的同步教程：用坚果云作为Zotero云存储的设置方法、如何在Zotero中设置webdav连接到坚果云？。有时候，我们只是不知道用什么合适的关键词去搜索，许多问题早就被解决了。
用 VNote 管理笔记
VNote，这是一个最近（大约半个月前）才发现的良品工具，作者解决的问题其实我也一直想解决，可惜技术上水平不够。能发现这样优秀的工具实在是荣幸。不多说，看作者的介绍，或者下载下来试一下~
举个例子，我正在写的这篇笔记就是用 VNote + markdown 写的：
用坚果云同步到云端
使用很简单，不用学，直接用。这是一张来自其帮助中心的截图，可以说非常接近事实：
用火狐浏览器和插件同步书签
正如上面提到的，许多许多的知识来自于网页，有些时候我们不需要保存整个网页的内容，只需要（暂时）保存它们的地址。那么，好用的书签管理肯定最方便了。
我采用的方式是：Firefox + Bookmark Dupes 来管理书签：
- Firefox，书签管理方便，且支持书签云同步
- Bookmark Dupes，整理重复的书签及文件夹
用资源管理器管其他的
这个无需赘言，对于像我这样对电脑有强迫症的人来说，目录最好井井有序，不然肯定会抓狂的（有时也用 everything）。关于整理电脑，网上也有一些建议，无聊时候可以搜搜看，有些还是挺有帮助的。
操作方案
除了书签管理（在火狐浏览器中完成）和文献管理（在 Zotero 中完成），下面是我在电脑上对笔记管理采用的目录结构
1 | 笔记整理 # 存放笔记的根目录，也是同步的目录 |
比如这是放文献汇报 PPT 的文件夹，PPT 都以日期命名，方便查找：
以后做笔记都尽量整理到这些目录中，然后只需要备份整个文件夹就可以了（再安装几个反正我也会装的软件……）。拷贝到 U 盘，移动硬盘，或者通过坚果云同步：
写在最后
- 我的方法不一定适用，只是我自己目前觉得好用的方法。欢迎交流讨论~
- 学习是一个积年累月的过程，笔记整理只是其中很小的一个部分。保持无知，不断坚持，共勉。
- 感谢那些我无法一一列出但十分需要感谢的来自网络的知识的作者，以及一些与我讨论的朋友，谢谢他们的分享！
更新日志
- 20180217：创建笔记。
- 20180507：修改用火狐浏览器同步书签部分。
- 20190622：修改用火狐浏览器同步书签部分。